Le cycle d'enseignement professionnel est organisé autour d'enseignements modulaires, alternant des périodes de stage théorique en école et pratique dans les services déconcentrés.
Il comprend les modules d'enseignement suivants :
― un cycle ministériel de formation initiale ;
― un enseignement traitant de l'environnement douanier ;
― des enseignements fondamentaux ;
― un approfondissement des connaissances liées au grade d'inspecteur ;

― une formation spécialisée consacrée aux premières fonctions occupées.