Le militaire qui effectue un déplacement dans les conditions prévues à l'article 2 du décret du 14 mai 2009 susvisé doit être muni, avant son départ, d'un ordre de mission.
Un ordre de mission dit « permanent » peut être délivré au militaire exerçant des fonctions essentiellement itinérantes et au militaire appelé à se déplacer fréquemment dans la limite géographique fixée par cet ordre de mission. La durée de cet ordre de mission ne peut excéder douze mois.
Préalablement au déplacement et quelle qu'en soit la nature, le militaire perçoit, à sa demande, une avance égale à 75 % du montant des indemnités susceptibles de lui être versées à l'issue de son déplacement.
A l'issue du déplacement, le militaire produit, dans les conditions prévues à l'article 3 du décret du 14 mai 2009 susvisé, les justificatifs des dépenses de transport et d'hébergement exposées pour l'accomplissement de la mission, y compris les frais divers et les frais annexes de transport mentionnés aux articles 5 et 18 du présent arrêté.

La mission débute à l'heure du départ de la garnison d'affectation et se termine à l'heure d'arrivée dans cette même garnison. Toutefois, pour tenir compte de situations particulières liées à la mission, le départ de la résidence familiale ou le retour à cette même résidence peut être autorisé par l'autorité ordonnant le déplacement.
En cas d'utilisation de la voie ferroviaire, pour tenir compte du délai nécessaire pour rejoindre le lieu de départ (gare) et en revenir, un délai forfaitaire de deux heures est ajouté à la durée de la mission par référence aux horaires mentionnés sur le titre de transport. Ce délai forfaitaire est porté à trois heures en cas d'utilisation de la voie maritime ou de la voie aérienne.
Pour les missions outre-mer et à l'étranger, l'application de ces modalités débute à l'heure d'arrivée dans la localité (en cas de déplacements par voie routière uniquement), la gare, le port ou l'aéroport de destination, et prend fin à l'heure de départ de ce même lieu pour le retour.
Pour l'application du présent arrêté, la localité est la commune d'outre-mer ou la collectivité locale assimilée à l'étranger sur le territoire de laquelle est situé le lieu de destination de la mission.

En mission ou en tournée, le militaire perçoit une ou plusieurs indemnités forfaitaires de repas ainsi qu'une indemnité forfaitaire d'hébergement selon les modalités précisées ci-après :

1. Une indemnité de repas est versée au militaire s'il est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 11 heures et 14 heures pour le repas du midi et entre 18 heures et 21 heures pour le repas du soir.

2. Une indemnité d'hébergement est versée au militaire lorsqu'il est en mission pendant la totalité de la période comprise entre 23 heures et 5 heures du matin. Cette indemnité comprend le coût de l'hébergement et du petit-déjeuner.

3. Une indemnité de petit-déjeuner peut être versée, sur décision de l'autorité ayant ordonné le déplacement, au militaire effectuant une mission par voie routière pendant la totalité de la période comprise entre 02h00 et 06h00 du matin et qui n'a pas bénéficié d'une prestation d'hébergement à titre gratuit ou onéreux. Cette indemnité, dont le montant est fixé à 5 euros, est exclusive de l'indemnité d'hébergement.

Sous réserve de l'accord préalable de l'autorité ayant ordonné le déplacement, les frais divers suivants peuvent donner lieu à remboursement : frais de stationnement dans la limite de soixante-douze heures, frais de péage, frais de passeport, visa, taxes de séjour, taxes d'aéroport et autres taxes et impôts touchant le voyageur, frais de vaccinations et traitements médicaux prophylactiques obligatoires ou recommandés par l'autorité sanitaire compétente, excédents de bagages afférents au transport de matériel technique ou de documents administratifs pour des raisons de service.