Le montant des indemnités de mission en métropole est fixé par l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission susvisé.
Le militaire effectuant du fait de ses fonctions plus de quinze déplacements par année civile représentant plus de trente-cinq nuitées, peut recevoir les indemnités d'hébergement à un montant majoré de 10 %.

Par dérogation à l'article 6 du présent arrêté, le militaire peut percevoir une indemnité d'hébergement supérieure au taux fixé par l'arrêté du 3 juillet 2006 fixant les taux des indemnités de mission susvisé, sur autorisation de l'autorité ordonnant la mission, si la dépense supplémentaire est justifiée par l'une des quatre conditions suivantes :
a) Force majeure ou urgence liée à la mission ;
b) Sécurité du militaire en mission ;
c) Nécessité d'héberger un groupe sur un site unique ;
d) Déplacement ou accompagnement d'une haute autorité.
Le montant de cette indemnité est alors égal au montant de la dépense effectivement engagée et le remboursement s'effectue sur présentation de pièces justificatives.

Par ailleurs les taux applicables aux grandes villes et communes de la métropole du Grand Paris s'appliquent à l'ensemble des communes de la région Ile-de-France.