La voie ferroviaire doit être systématiquement privilégiée par rapport à la voie aérienne et à l'utilisation d'un véhicule personnel pour les besoins du service. Toutefois, le recours à la voie aérienne peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque les conditions tarifaires le justifient ou lorsque le temps de trajet par la voie ferroviaire est supérieur, dans la même journée, à six heures.

Les transports doivent être effectués en 2e classe pour les trajets par voie ferroviaire, sauf lorsque les conditions tarifaires peuvent justifier le recours à la 1re classe. Il est également autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement lorsque la durée des trajets effectués au cours de la même journée est supérieure à six heures.

Les transports doivent être effectués en classe économique pour les trajets par voie aérienne. Le recours à une classe supérieure doit rester exceptionnel. Il doit être justifié par l'intérêt du service et par les conditions tarifaires ou lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures (escale non comprise) et la durée de la mission est inférieure à sept jours.

Il peut être autorisé par l'autorité qui ordonne le déplacement pour les trajets des membres des délégations ministérielles, en présence du ministre ou du secrétaire d'Etat.

L'autorité qui ordonne le déplacement peut autoriser les agents visés à l'article 6 du décret susvisé du 3 juillet 2006 à utiliser une classe supérieure à la classe économique, en cas d'imprévisibilité du déplacement, dans l'impossibilité de le reporter et en l'absence de disponibilité en classe économique à la date du déplacement.

Le temps passé à bord des avions n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du voyage ne comprend pas le prix du repas. Le justificatif de la dépense devra être fourni.

Aucun remboursement n'est accordé à l'agent en déplacement temporaire au titre des bagages personnels transportés en excédent de la franchise consentie par les compagnies de navigation aérienne.

Aux termes de l'article 10 du décret du 3 juillet 2006 susvisé, les agents peuvent utiliser un véhicule personnel pour les déplacements liés à l'exercice de leurs fonctions, sur autorisation de leur chef de service.
Ils sont alors indemnisés soit sur la base du tarif de transport public de voyageurs le moins onéreux, soit sur la base des indemnités kilométriques dont les taux sont fixés par l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités kilométriques.
L'indemnisation s'effectue sur la base de ces indemnités kilométriques lorsque l'agent est contraint d'utiliser un véhicule personnel pour l'exercice de ses fonctions, en l'absence de moyen de transport adapté au déplacement considéré.
L'agent qui souhaite utiliser son véhicule pour l'exercice de ses fonctions, pour convenances personnelles, doit obtenir l'autorisation préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement. Il est alors indemnisé sur la base du tarif de transport public de voyageurs le moins onéreux. Il ne peut, dans ce cas, prétendre à aucun remboursement de frais de péage ou de parking.
L'indemnisation s'effectue sur la base du trajet le plus court. Une indemnisation sur la base du trajet le plus rapide peut être accordée, sur décision de l'autorité qui ordonne le déplacement, lorsque les besoins du service le justifient.
Les conditions et les taux d'indemnisation prévus au présent article sont applicables aux personnels affectés dans les établissements d'enseignement français en Andorre, qui se déplacent pour l'exécution de leur service, soit à l'occasion de missions ou de tournées, soit lorsqu'ils sont affectés en service partagé.

Les titulaires d'une carte de réduction sont tenus d'en faire état lors de la préparation de la mission. La carte de réduction peut faire l'objet d'une prise en charge ou d'un remboursement par l'administration dès lors que son acquisition permet de réduire le coût annuel des missions effectuées par chacun de ses bénéficiaires pour le compte de l'administration.

Lorsque l'agent fait le choix d'un surclassement pour un mode de transport donné, le complément éventuel est à sa charge.