Pour prétendre au remboursement de l'indemnité d'hébergement, l'agent doit se trouver en mission pendant la totalité de la période comprise entre 0 heure et 5 heures et fournir un justificatif de paiement.

L'indemnité d'hébergement comprend le petit déjeuner et la taxe de séjour. Aucune indemnité n'est due si l'agent est hébergé gratuitement.

L'agent perçoit l'indemnité forfaitaire pour frais supplémentaires de repas, dont le taux est fixé au a de l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, s'il se trouve en mission pendant la totalité de la période comprise entre 11 heures et 14 heures pour le repas de midi et entre 18 heures et 21 heures pour le repas du soir, et si les repas ne lui sont pas fournis gratuitement.
Par dérogation aux dispositions de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, l'indemnité de repas allouée à l'occasion d'une mission est réduite de moitié lorsque l'agent a effectivement pris un repas dans un restaurant administratif ou assimilé, à savoir tout restaurant qui reçoit des subventions de l'Etat, d'une autre collectivité publique ou de l'un de leurs établissements publics.
L'agent ne perçoit pas d'indemnité forfaitaire pour frais supplémentaires de repas pour les déplacements effectués à l'intérieur de la commune de résidence administrative ou de résidence familiale.

En application de l'article 7-1 du décret susvisé du 3 juillet 2006 et par dérogation à l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, les personnels, titulaires ou non titulaires qui sont collaborateurs du ministre ou du secrétaire d'Etat, l'accompagnant ou chargés de le représenter, peuvent prétendre au remboursement des frais de restauration et d'hébergement qu'ils ont réellement engagés, sur production des pièces justificatives de dépense, sur autorisation de l'autorité qui ordonne le déplacement, préalable ou accordée dans le délai de vingt-quatre heures suivant le terme de ce déplacement.

Par dérogation au même arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, peuvent percevoir une indemnité d'hébergement dans la limite de 150 € pour les déplacements effectués dans la commune de Paris, de 130 € pour ceux effectués dans les grandes villes et communes de la métropole du Grand Paris et dans la limite de 120 € pour les déplacements effectués dans le reste du territoire métropolitain :

― les membres titulaires et suppléants des jurys seniors et juniors de l'Institut universitaire de France, dans le cadre de leurs activités comme membres du jury ;

― les membres du conseil du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur autres que son président ;

― les membres du Bureau des longitudes et ses conférenciers extérieurs, dans le cadre de leurs activités comme membres du Bureau des longitudes ou comme conférenciers extérieurs à l'établissement.

― le président, le vice-président et les membres du Conseil stratégique de la recherche.

― les directeurs et les chefs de service de l'administration centrale des ministères chargés de l'éducation nationale de la jeunesse et des sports, de l'enseignement supérieur et de la recherche ;

― les recteurs ;

― les vice-recteurs ;

― le chef du service de l'éducation nationale de Saint-Pierre-et-Miquelon ;

― les membres des jurys des concours de recrutement et examens professionnels des personnels enseignants et non enseignants, en cas de contraintes exceptionnelles, notamment la tenue d'un événement national ou international à caractère sportif ou culturel provoquant une pénurie de l'offre d'hébergement de nature à empêcher l'agent en mission de se loger dans la limite des plafonds prévus à l'article 1er de l'arrêté du 3 juillet 2006 susvisé, sur production des pièces justificatives de dépense et avec l'accord préalable de l'autorité qui ordonne le déplacement.

Dans tous les cas précités, ces indemnités ne peuvent excéder le montant des frais réellement engagés.

En application des articles 2-8° et 7-1 du décret susvisé du 3 juillet 2006 et par dérogation au même arrêté du 3 juillet 2006 susvisé fixant les taux des indemnités de mission, les personnels, titulaires ou non titulaires qui assurent la protection des personnalités mentionnées au premier alinéa ou les services de sécurité, d'intendance et de logistique liés à l'exercice de la fonction ministérielle, à l'intérieur et hors de leur résidence administrative et de leur résidence familiale, peuvent prétendre au remboursement des frais de déplacement qu'ils ont réellement exposés, sur production des pièces justificatives de dépense, sur autorisation de l'autorité qui ordonne le déplacement, préalable ou accordée dans le délai de vingt-quatre heures suivant le terme de ce déplacement.

Pour le décompte des indemnités, les horaires de début et de fin de mission correspondent aux horaires de départ et d'arrivée inscrits sur les titres de transport, auxquels s'ajoute le délai nécessaire pour rejoindre une gare, un aéroport ou un port, et pour en revenir. Ce délai est forfaitaire. Il est fixé à une heure avant l'heure de départ et après l'heure de retour en cas d'utilisation du train. Ce délai est porté à deux heures en cas d'utilisation de l'avion ou du bateau.
Dans le cas où le moyen de transport utilisé à titre principal est un véhicule personnel ou administratif, les horaires de début et de fin de mission correspondent aux horaires de départ de la résidence administrative ou familiale et de retour à l'une de ces deux résidences.

Le paiement des indemnités pour frais de déplacements temporaires est effectué à la fin du déplacement ou mensuellement, à terme échu.
Des avances sont consenties aux agents qui en font la demande, dans la limite de 75 % des sommes présumées dues à la fin du déplacement ou en fin de mois, selon le cas.