La direction des plans, des programmes et du budget a autorité directe sur le service de l'exécution financière, de la gestion logistique des biens et des comptabilités (SEREBC), organisme extérieur, dont les missions et l'organisation sont fixées par instruction.

Le service central de la gestion budgétaire et des comptabilités comprend deux sous-directions :
1. La sous-direction de la gestion budgétaire qui comprend trois bureaux :
― le bureau de la gestion des opérations d'armement et activités connexes ;
― le bureau de la gestion des rémunérations et du fonctionnement ;
― le bureau de la gestion des études de défense et de la recherche duale.
En outre, la sous-direction de la gestion budgétaire comprend une cellule chargée du compte-rendu d'exécution des dépenses et recettes.
2. La sous-direction des comptabilités qui comprend trois bureaux :
― le bureau de l'expertise réglementaire comptable et du suivi des comptabilités ;
― le bureau des restitutions et de l'analyse comptables ;
― le bureau du contrôle interne comptable.