Peuvent être candidats les personnels remplissant les conditions requises pour être électeurs, à l'exclusion du directeur général, du directeur adjoint, du secrétaire général, du directeur des ressources humaines et de l'agent comptable.

Les candidats se présentent soit en leur nom individuel, soit au titre d'une organisation syndicale représentative.
Chaque candidat doit proposer dans sa lettre de candidature un suppléant qui siégera à sa place en cas d'indisponibilité. Les suppléants doivent remplir les conditions pour être éligibles en qualité de titulaires.
Les lettres de candidature, signées par le candidat et son suppléant, doivent être adressées par lettre recommandée avec accusé de réception au directeur général du SHOM ou déposées auprès de celui-ci contre récépissé, au plus tôt le lendemain du jour de l'affichage de la liste électorale et au plus tard quinze jours francs avant la date du scrutin.

La liste des candidats, arrêtée par le directeur général du SHOM, est affichée dans des lieux accessibles à tout le personnel de l'établissement deux semaines au moins avant la date du scrutin. Elle est établie dans l'ordre alphabétique du nom des candidats, suivi de ceux de leur suppléant.