La commission est saisie soit par le ministre chargé de l'agriculture, soit par le président du conseil d'administration de la caisse intéressée. Lorsque l'agent en cause est un agent comptable, la commission peut également être saisie par le ministre chargé de l'économie et des finances.

L'autorité qui saisit la commission doit indiquer les griefs formulés contre l'agent déféré devant la commission, dans un rapport circonstancié.

Lorsque la commission est saisie par le président du conseil d'administration de la caisse, le document susvisé est adressé au chef de la mission nationale de contrôle et d'audit des organismes de sécurité sociale , qui en assure la transmission au secrétariat de la commission en y joignant son avis motivé.