La surveillance des incidences négatives de la pollution atmosphérique sur les écosystèmes s'appuie sur un ensemble de réseaux de sites de surveillance représentatif de leurs types d'habitats d'eau douce, naturels et semi-naturels et d'écosystèmes forestiers.
Cette surveillance s'effectue selon une approche efficace au regard des coûts et fondée sur les risques. A cette fin cette surveillance s'effectue en coordination avec les autres programmes de surveillance établis en vertu de la législation de l'Union collectant des données pouvant être utilisées pour le présent objet, notamment la directive 2008/50/CE, la directive 2000/60/CE du Parlement européen et du Conseil et la directive 92/43/CEE du Conseil, ainsi que de la convention de Genève du 13 novembre 1979 sur la pollution atmosphérique transfrontière à longue distance et ses protocoles, notamment le protocole de Göteborg. Des données complémentaires nécessaires au présent objet seront collectées par extension des activités des programmes de surveillances précités lorsque possible, par création de réseaux spécifiques sinon.

Le LCSQA est chargé de la coordination de la compilation des données nécessaires au présent objet, ainsi que de l'animation du réseau de collecte, en vue d'assurer sa pérennité en dehors des aspects liés à son financement, et son adéquation scientifique et technique au présent objet.
Cet organisme prépare les rapportages réglementaires relatifs au présent objet auprès de la Commission européenne.

Les données collectées sont bancarisées par le LCSQA dans Geod'Air.
Les organismes désignés par l'Etat pour effectuer la surveillance des impacts de la pollution de l'air sur les écosystèmes fournissent ces données selon le référentiel technique national qui précise les données d'observation et les métadonnées attendues ainsi que la procédure de transmission (calendrier, fréquence et format) et de mise à jour de ces informations.
Le LCSQA met ces données et les métadonnées associées, en mentionnant leur origine, à la disposition du public, sous forme électronique, dans un standard ouvert, aisément réutilisable et exploitable par un système de traitement automatisé.

La surveillance s'appuiera sur les indicateurs de surveillance énumérés à l'annexe 9, utilisant les méthodes et manuels de la convention de Genève du 13 novembre 1979 sur la pollution atmosphérique transfrontière à longue distance.