Les déplacements doivent être effectués en transport en commun.
Toutefois, à titre dérogatoire, l'utilisation du taxi peut être autorisée par l'autorité qui ordonne le déplacement dans les cas suivants :

- sur de courtes distances, soit en cas d'absence justifiée, permanente ou occasionnelle, de moyens de transport en commun, soit lorsqu'il y a obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant ;
- quand l'utilisation collective du taxi est moins onéreuse que l'utilisation des moyens de transport en commun régulier.

L'utilisation du taxi en outre-mer et à l'étranger peut être autorisée à titre exceptionnel lorsque les conditions de la mission le justifient. Un certificat administratif donnant de manière précise les raisons pour lesquelles le recours au taxi a été autorisé, signé par l'autorité qui ordonne le déplacement, devra être fourni ainsi que les justificatifs de la dépense.
Le remboursement des frais de taxi s'effectue sur présentation d'une facture correspondant à la course et sur la base des frais réellement exposés.
En cas de recours au taxi, dans des conditions qui ne le justifient pas, l'agent sera remboursé sur la base du tarif le moins cher des transports en commun.

Le remboursement des frais de transport en autocar, navette ou tout autre moyen de transport collectif comparable peut être effectué sur présentation des pièces justificatives et sur la base des frais réellement exposés.

A titre exceptionnel et en cas d'indisponibilité d'un véhicule de service, les agents peuvent utiliser un véhicule de location, sur autorisation préalable de leur directeur ou chef de service, en cas de déplacement itinérant dans une zone géographique restreinte et, très exceptionnellement, lorsqu'il y a obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant.
Le remboursement des frais de véhicule de location s'effectue sur présentation des pièces justificatives et sur la base des frais réellement exposés.

Lorsque le besoin du service le justifie, les frais de stationnement engagés à l'occasion d'une mission peuvent être pris en charge, dans la limite de 72 heures, sur présentation des pièces justificatives.
L'agent autorisé à utiliser son véhicule personnel pour les besoins du service peut être remboursé de ses frais de péage d'autoroute sur présentation des pièces justificatives et sur la base des frais réellement exposés.

Des avances sur le paiement des indemnités et les remboursements de frais peuvent être consenties aux agents qui en font la demande. Elles ne peuvent excéder :
100 % des sommes présumées dues à la fin du déplacement ou en fin de mois suivant le cas, pour les déplacements à l'étranger ;
75 % des sommes présumées dues à la fin du déplacement ou en fin de mois, suivant le cas, pour les déplacements en France métropolitaine, dans les DOM, collectivités d'outre-mer et collectivités à statut spécial.
Toutefois, la demande d'avance ne peut être faite au minimum que pour une indemnité complète, soit une nuitée et deux repas.
La régularisation de l'avance versée est subordonnée à la production des justificatifs originaux, nominatifs, indiquant le mode de paiement de l'hébergement et, le cas échéant, des frais divers.
La perte des justificatifs ou leur non-présentation entraîne le reversement de l'avance perçue.

Les frais suivants peuvent donner lieu à remboursement sur présentation des pièces justificatives :

- les frais liés à la délivrance d'un passeport ou d'un visa, aux vaccinations et aux traitements médicaux prophylactiques obligatoires ou recommandés par l'Institut Pasteur, les taxes d'aéroport et autres taxes et impôts touchant les voyageurs ;
- les excédents de bagages afférents au transport de matériel technique ou de documents administratifs pour raison de service, sous réserve de l'accord préalable de l'autorité administrative.