Pour des raisons économiques et liées au développement durable, la voie ferroviaire doit être systématiquement privilégiée par rapport à la voie aérienne.
Toutefois, la voie aérienne est autorisée lorsque le temps de trajet accompli en train dans la même journée est supérieur à quatre heures et trente minutes ou lorsque les conditions tarifaires le justifient.

Les trajets par voie ferroviaire doivent être effectués en 2e classe. Le recours à la 1re classe doit rester exceptionnel et ne peut être autorisé que par le directeur ou le chef de service ou, à défaut, par une personne ayant délégation de signature, lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires permettent de le justifier.
Lorsque l'accès à un train est soumis au paiement d'un supplément de prix, le remboursement de ce supplément est autorisé, sur présentation des pièces justificatives.
Le remboursement de la couchette ou du wagon-lit est exclusif de l'indemnité de nuitée.

Les trajets par voie aérienne doivent être effectués en classe économique. Le recours à la classe supérieure doit rester exceptionnel. Il ne peut être autorisé que par le directeur ou le chef de service ou, à défaut, par une personne ayant délégation de signature, lorsque la durée du voyage est supérieure à sept heures et que la durée de la mission est inférieure à sept jours ou lorsque les conditions tarifaires le justifient.
Les agents suivants peuvent être autorisés, en raison des sujétions de service, à voyager en classe supérieure pour les voyages dont le temps de vol est supérieur à quatre heures :

- les membres des cabinets ministériels ;
- le (la) secrétaire général(e) des ministères chargés des affaires sociales ;
- les directeurs(trices) et les directeurs(trices) adjoint(e)s d'administration centrale ;
- les délégué(e)s et les délégué(e)s adjoint(e)s.

Le temps passé à bord des avions n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du voyage ne comprend pas la fourniture du repas. Le justificatif de la dépense devra être fourni.
Aucun remboursement n'est accordé à l'agent en déplacement temporaire au titre des bagages personnels transportés en excédent de la franchise consentie par les compagnies de navigation aérienne.
L'agent qui accomplit une mission nécessitant la consultation d'une importante documentation technique peut obtenir, après accord préalable et sur justification du directeur ou du chef de service, le remboursement du coût des bagages transportés par la voie aérienne en excédent de la franchise consentie par les compagnies de navigation aérienne.
L'utilisation des avions-taxis est interdite.

Le recours à la classe supérieure pour la voie maritime est autorisé par le directeur ou le chef de service ou, à défaut, par une personne ayant délégation de signature, lorsque les conditions de la mission ou les conditions tarifaires peuvent le justifier.
Le temps passé à bord des bateaux n'ouvre droit à aucune indemnité de nuitée ou de repas, sauf dans le cas où le prix du voyage ne comprend pas la fourniture du repas. Le justificatif de la dépense devra être fourni.

Les agents peuvent utiliser leur véhicule terrestre à moteur pour les besoins du service sur autorisation de leur directeur ou chef de service ou, à défaut, par une personne ayant délégation de signature, notamment en cas d'indisponibilité d'un véhicule de service.
Les autorisations ne sont délivrées que si l'utilisation du véhicule personnel entraîne une économie ou un gain de temps appréciables, ou lorsqu'elle est rendue nécessaire soit par l'absence, permanente ou occasionnelle de moyens de transports en commun, soit par l'obligation attestée de transporter du matériel précieux, fragile, lourd ou encombrant.
Les agents autorisés à utiliser leur véhicule à moteur pour les besoins du service sont indemnisés de leurs frais de transport sur la base des indemnités kilométriques correspondant au trajet le plus court.
Dans les cas où l'utilisation par l'agent de son véhicule personnel pour sa propre convenance est autorisée par le directeur ou le chef de service qui ordonne le déplacement, elle donne lieu à une indemnisation sur la base du tarif du transport public de voyageurs le moins onéreux. Mais l'agent ne peut prétendre à aucun remboursement de frais divers (taxi, frais de stationnement et de péages).

Lorsqu'un agent est astreint, par ses fonctions, à de fréquents déplacements, le ministère peut prendre en charge une part ou la totalité du coût d'un titre d'abonnement dans la mesure où il en résulte une économie par rapport à la procédure habituelle de prise en charge.
L'agent titulaire d'une carte de réduction ou d'un abonnement est tenu d'en faire état lors de la préparation de la mission. Il n'a pas droit au remboursement ou à la compensation des frais de transport pour la partie correspondant à l'exonération.

Lorsque l'agent se déplace sur le territoire de sa commune de résidence administrative, de la commune où s'effectue le déplacement temporaire ou de sa commune de résidence familiale, ses frais de transport peuvent être pris en charge sur décision de l'autorité administrative lorsque la commune considérée est dotée d'un service régulier de transport public de voyageurs.
Cette prise en charge est effectuée dans la limite du tarif ou, pour l'agent qui se déplace fréquemment, de l'abonnement le moins onéreux du transport en commun le mieux adapté au déplacement, sur présentation des pièces justificatives.
Les tickets sont remboursés en prenant en compte les cartes d'abonnement dont peut être détenteur l'agent.