Pour la détermination des flux, les émissions canalisées et les émissions diffuses sont prises en compte.
Les méthodes de mesure, prélèvement et analyse de référence en vigueur sont fixées dans un avis publié au Journal officiel.

Le débit des effluents gazeux est exprimé en mètres cubes par heure rapportés à des conditions normalisées de température (273 kelvins) et de pression (101,3 kilopascals) après déduction de la vapeur d'eau (gaz secs). Le débit des effluents gazeux ainsi que les concentrations en polluants sont rapportés à une teneur en oxygène de référence établie en fonction du combustible (6 % en volume dans le cas des combustibles solides et de la biomasse, 3 % en volume dans le cas des combustibles liquides ou gazeux). Les concentrations en polluants sont exprimées en gramme(s) ou milligramme(s) par mètre cube rapporté(s) aux mêmes conditions normalisées.
Pour les installations de séchage, les mesures se font sur gaz humides.

Pour les substances susceptibles d'être rejetées par l'installation, les effluents gazeux respectent, selon le flux horaire, les valeurs limites de concentration fixées dans le tableau figurant en annexe V.

L'exploitant démontre dans son dossier qu'il a pris toutes les dispositions nécessaires pour limiter les odeurs provenant du traitement des effluents. Lorsqu'il y a des sources potentielles d'odeurs de grande surface (bassins de stockage, de traitement...) difficiles à confiner, celles-ci sont implantées de manière à limiter la gêne pour le voisinage (éloignement...).
L'exploitant démontre dans son dossier de demande qu'il a pris toutes les dispositions nécessaires pour éviter en toute circonstance, à l'exception des procédés de traitement anaérobie, l'apparition de conditions anaérobies dans les bassins de stockage ou de traitement, ou dans les canaux à ciel ouvert.
Le débit d'odeur des gaz émis à l'atmosphère par l'ensemble des sources odorantes canalisées, canalisables et diffuses ne dépasse pas les valeurs suivantes :

| HAUTEUR D'ÉMISSION
(en m)| DÉBIT D'ODEUR
(en uo_e/h)| |--------------------------------|------------------------------------------| | 0 | 1 000 x 10³ | | 5 | 3 600 x 10³ | | 10 | 21 000 x 10³ | | 20 | 180 000 x 10³ | | 30 | 720 000 x 10³ | | 50 | 3 600 x 106 | | 80 | 18 000 x 106 | | 100 | 36 000 x 106 |