Les étudiants accomplissent tout au long de la formation de troisième cycle des stages.
Conformément à l'article R. 632-29 du code de l'éducation, au cours de la phase socle et de la phase d'approfondissement, les stages ont une durée d'un semestre. Au cours de la phase de consolidation, les stages ont une durée d'un an sauf lorsque les maquettes de formation prévoient qu'ils durent un semestre.
Conformément à l'article R. 632-27 du code de l'éducation, la formation en stage est accomplie en milieu hospitalier ou extrahospitalier, dans des lieux de stage agréés au sein de structures ou auprès de praticiens agréés-maîtres de stage des universités. Ces structures d'accueil et ces praticiens sont liés par convention avec un centre hospitalier universitaire.
Dans le cadre de leur activité en stage, pour toute la durée du stage et pour toute activité réalisée sur le lieu de stage, ils ne peuvent percevoir de rémunération ni du ou des responsables médicaux et pédagogiques ou praticiens agréés-maîtres de stage des universités ni des patients.

Les structures dans lesquelles peuvent se situer les lieux de stage agréés sont :

1° Les centres hospitaliers universitaires ;

2° Les établissements de santé publics ou privés, ou les hôpitaux des armées ;

3° Les organismes extrahospitaliers, notamment : les laboratoires, les structures de soins alternatives à l'hospitalisation, les centres de protection maternelle et infantile, les centres de planification et d'éducation familiale, les associations, les administrations, les établissements publics, les entreprises et les services départementaux ou territoriaux d'incendie et de secours, les centres de santé, et les maisons de santé pluriprofessionnelles dont la personne morale est une société interprofessionnelle de soins ambulatoires.

L'étudiant en stage est placé sous l'autorité du responsable médical du lieu de stage agréé dans lequel il est affecté. Le responsable médical désigne, au sein du lieu de stage, un médecin, ou un pharmacien, le cas échéant, chargé de l'encadrement pédagogique de l'étudiant.

I. - Sont considérés comme praticiens agréés-maîtres de stage des universités, les médecins exerçant en cabinet libéral, en centre de santé, en maison de santé ou au sein d'un centre médical du service de santé des armées et agréés conformément aux dispositions du présent arrêté.
II. - Les praticiens agréés-maîtres de stage des universités contractent une assurance responsabilité professionnelle, s'ils exercent une activité libérale, en signalant à leur assurance leur qualité de maître de stage.
III. - Les praticiens agréés-maîtres de stage des universités mentionnés au I du présent article qui accueillent des étudiants de troisième cycle des études de médecine perçoivent des honoraires pédagogiques versés par l'unité de formation et de recherche médicale.
Le montant forfaitaire de ces honoraires pédagogiques est fixé par arrêté des ministres chargés de la santé, du budget et de l'enseignement supérieur. Dans l'hypothèse où l'étudiant est accueilli chez plusieurs praticiens agréés-maîtres de stage des universités, les honoraires pédagogiques ne sont dus qu'une fois au prorata du temps de formation de l'étudiant auprès de chacun d'entre eux.
Une convention est signée entre l'agence régionale de santé dans le ressort de laquelle les étudiants sont affectés, l'université d'inscription et le centre hospitalier universitaire de rattachement. Elle prévoit :
1° Le versement des crédits afférents aux honoraires pédagogiques au centre hospitalier universitaire de rattachement par l'agence régionale de santé ;
2° Les modalités de remboursement de l'unité de formation et de recherche de l'université d'inscription par le centre hospitalier universitaire de rattachement.
IV. - Au cours d'un même stage, un étudiant peut être accueilli par un ou plusieurs praticiens agréés-maîtres de stage des universités.

La décision de suspendre le stage en cours résulte d'une décision conjointe du directeur général de l'agence régionale de santé et du directeur de l'unité de formation et de recherche de médecine ou de la composante qui assure cette formation au sens de l'article L. 713-4 du code de l'éducation, après saisine :

-par le praticien agréé-maître de stage des universités, et après avis de l'autorité militaire pour les praticiens relevant de l'autorité du service de santé des armées, lorsque les conditions permettant d'accueillir l'étudiant ne sont plus réunies.

-par le responsable médical ou la personne désignée en application du dernier alinéa de l'article 16, dans les maisons de santé pluriprofessionnelles dont la personne morale est une société interprofessionnelle de soins ambulatoires ou les centres de santé agréés comme lieux de stage, lorsque les conditions permettant d'accueillir l'étudiant ne sont plus réunies.

-par l'étudiant ou les représentants des étudiants de troisième cycle lorsque le terrain de stage ne garantit pas des conditions de travail respectant ses droits et sa dignité ou altère sa santé physique ou mentale.

La décision de suspendre le stage est motivée et fait l'objet de recommandations. Elle est d'application immédiate.

En cas de non-respect de la dignité ou d'altération de la santé physique ou mentale des étudiants, le stage est suspendu sans délai et ne peut être poursuivi.

Le cas échéant, l'étudiant est réaffecté par le directeur général de l'agence régionale de santé ou par l'autorité militaire pour les internes des hôpitaux des armées et les assistants des hôpitaux des armées, sur un autre terrain de stage lui permettant de valider un stage au titre de la maquette de la formation suivie.