En cas d'affection médicale en cours de contrat ou de carrière, le médecin des armées peut déterminer des inaptitudes ou des restrictions d'emploi, en se fondant sur les normes médicales d'aptitude définies par le présent arrêté. Celles-ci peuvent être temporaires ou définitives.
Les militaires peuvent contester les conclusions en matière d'aptitude médicale selon les modalités prévues par l'arrêté du 20 décembre 2012 susvisé.
Néanmoins, la décision d'emploi d'un marin, quelles que soient les inaptitudes ou les restrictions d'emploi prononcées par le médecin des armées, relève du commandement.

Les militaires de la marine nationale faisant l'objet d'une inaptitude temporaire au service à la mer supérieure à 3 mois, prononcée par un médecin des armées, font l'objet d'une étude spécifique de leur dossier par l'instance prévue par l'article 17 de l'arrêté du 20 décembre 2012 susvisé.

Les militaires de la marine nationale candidats à un changement de corps ou de statut, au sein de la marine nationale, et ayant un profil médical incompatible avec les normes médicales correspondant à la candidature souhaitée, peuvent demander à servir dans le corps ou le statut candidaté par dérogation aux normes médicales d'aptitude.

Les militaires de la marine nationale faisant l'objet d'une inaptitude définitive peuvent demander à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitudes selon les modalités prévues par l'arrêté du 20 décembre 2012 susvisé ou par les textes spécifiques pour certains emplois ou qualifications liés au parachutisme militaire, à l'aéronautique navale, à la plongée subaquatique et au travail en milieu hyperbare ainsi qu'à la navigation sous-marine.
Après avis du conseil régional de santé, du conseil supérieur de santé des armées, de la commission médicale de l'aéronautique de défense ou de la commission médicale supérieur du personnel plongeur des armées, le directeur du personnel militaire de la marine (DPMM) peut accorder une autorisation à servir par dérogation aux normes médicales d'aptitude, soit dans la spécialité d'origine du marin, soit dans une autre spécialité ou un autre emploi dans le cadre d'une réorientation. Celle-ci doit être renouvelée avant chaque mutation sans conduire à une nouvelle étude du dossier d'aptitude du militaire par la même instance, à condition que le contexte d'emploi de la future affectation soit le même, qu'il n'y ait eu aucune modification de l'état de santé du militaire ou que la durée de validation proposée par cette dernière ne soit pas dépassée.

Les militaires de la marine nationale ne répondant plus aux normes médicales d'aptitude au maintien au service dans la marine nationale au titre de leur spécialité ou de leur certificat et n'ayant pas obtenu de dérogation à servir, le cas échéant à l'issue de leur droit à congé lié à l'état de santé, sont présentés devant la commission de réforme des militaires prévue aux articles R. 4139-53 à R. 4139-61 du code de la défense.
Dans l'attente du passage devant la commission de réforme le marin peut être employé dans les formations à terre selon les restrictions d'emploi fixées par le médecin des armées.