Des contrôles administratifs et sur place sont effectués pour vérifier le respect des conditions requises pour l'octroi des soutiens.

Le contrôle administratif est exhaustif. Il s'effectue lors de la demande de contrat et à réception de toute pièce justificative. Nonobstant le respect des obligations mentionnées à l'article 2 du décret du 28 juillet 2004 susvisé, le contractant justifie, auprès du préfet, du respect de ses engagements pris dans le cadre de l'OPEDER grands prédateurs.

Les contrôles sur place portent chaque année sur au moins 4 % des dépenses publiques. Ces contrôles portent sur la totalité des engagements et des obligations relatives au CPEDER objet du contrôle, qu'il est possible de contrôler au moment du contrôle sur place.