Conformément à l'article L. 221-2 du code rural et de la pêche maritime et sous réserve des dispositions de l'article 7 du présent arrêté, en cas d'abattage d'ovins ou de caprins sur ordre de l'administration en application de l'arrêté technique susvisé, les propriétaires des animaux abattus sont indemnisés. L'indemnisation est mise en œuvre dans les conditions suivantes :
1° En cas d'abattage diagnostique suite à un arrêté préfectoral de mise sous surveillance, tel que prévu par l'article 22 de l'arrêté technique susvisé, la perte subie est indemnisée selon un barème forfaitaire de 100 € par animal. Elle peut être portée à 200 € pour les animaux d'élevages de sélection. Exceptionnellement, pour les animaux inscrits au livre généalogique de leur race et reconnus améliorateurs, l'indemnisation des propriétaires d'animaux s'effectue, après estimation des animaux, dans les conditions définies par l'arrêté du 30 mars 2001 susvisé et après déduction de la valeur en boucherie des animaux ;
2° En cas d'abattage pour l'assainissement d'un troupeau infecté, tel que prévu par l'article 26 de l'arrêté technique susvisé, l'indemnisation des propriétaires d'animaux s'effectue, après estimation des animaux, dans les conditions définies par l'arrêté du 30 mars 2001 susvisé et après déduction de la valeur en boucherie des animaux.

Les indemnités prévues à l'article 6 ci-dessus ne sont pas attribuées dans les cas suivants :
1° Mort d'un animal, quelle qu'en soit la cause ;
2° Animal introduit dans un troupeau en infraction avec les conditions fixées par l'arrêté technique susvisé ;
3° Animaux éliminés à la suite de l'introduction de caprins ou d'ovins dans un troupeau en infraction avec les conditions fixées par l'arrêté technique susvisé ;
4° Animal non éliminé dans les délais fixés par l'arrêté technique susvisé ;
5° Animal vendu selon le mode dit « sans garantie » ou vendu à un prix jugé abusivement bas par le directeur départemental en charge de la protection des populations ;
6° Toutes circonstances faisant apparaître une intention abusive de l'éleveur afin de détourner la réglementation de son objet.

En application de l'article L. 221-2 du code rural et de la pêche maritime, les indemnités de l'Etat prévues à l'article 6 du présent arrêté doivent être versées au propriétaire des animaux.
Dans le cas où le détenteur des animaux n'en est pas le propriétaire, il ne peut pas prétendre au bénéfice des indemnités, sauf s'il fournit au directeur départemental en charge de la protection des populations une décharge écrite, à son profit, signée par le propriétaire et certifiée conforme par le maire de la commune.
Lorsqu'un litige survient en ce qui concerne la propriété des animaux éliminés, les indemnités correspondantes doivent être consignées auprès de la Caisse des dépôts et consignations jusqu'au règlement amiable ou judiciaire du litige précité.
En ce qui concerne les troupeaux constitués à la fois d'animaux loués et d'animaux entretenus en pleine propriété par l'éleveur, les indemnités d'abattage sont versées aux différents ayants droit pour les seuls animaux leur appartenant, sur présentation au directeur départemental en charge de la protection des populations de pièces justificatives authentifiant leur propriété.