L'évaluation comprend les étapes suivantes :

1. Vérifier que le programme de sûreté et le programme d'assurance qualité de l'établissement sont conformes aux dispositions réglementaires en vigueur et que les dispositions décrites dans ces programmes permettent de répondre aux obligations que doivent remplir le « chargeur connu » ou l'« établissement connu » ;
2. Procéder à une ou plusieurs visites de l'établissement afin de vérifier que les mesures contenues dans les programmes de sûreté et d'assurance qualité sont effectivement mises en oeuvre et sont adaptées à la configuration des lieux ;
3. Etablir un rapport d'évaluation.

L'évaluation ainsi que le rapport établi à sa suite portent sur chacun des points suivants :

1. Description et organisation de l'établissement :
   - nature principale de l'activité exercée ;
   - caractéristiques techniques et commerciales du trafic de l'établissement ;
   - organisation adoptée pour assurer l'exécution et le suivi des mesures de sûreté ;
   - personnes responsables de l'exécution et du suivi des mesures de sûreté.
2. Traitement et stockage des expéditions ou des biens et produits :
   - liste des personnes autorisées à accéder aux lieux de traitement et de stockage ;
   - limitation de l'accès aux seules personnes autorisées ;
   - enregistrement des entrées dans ces lieux ;
   - dispositif de détection d'intrusion dans ces lieux ;
   - vérification d'intégrité suite à une intrusion.
3. Acheminement des expéditions ou des biens et produits :
   - enregistrement des opérations d'acheminement ;
   - surveillance ou protection ;
   - dispositif de détection de violation d'intégrité ;
   - procédure de remise au destinataire.
4. Vérification des expéditions ou des biens et produits :
   - moyens mis en oeuvre ;
   - procédures et consignes écrites au personnel ;
   - liste des personnes chargées des vérifications, pour les agréments en qualité de « chargeur connu » ou d'« établissement connu » ;
   - liste des catégories d'expéditions qui font l'objet de la vérification et d'un certificat de sûreté.
5. Certificat de sûreté :
   - procédure d'établissement ;
   - support et conservation.
6. Plan de formation des personnels :
   - identification de la structure de formation ;
   - références et qualification des formateurs ;
   - moyens pédagogiques et programmes de formation ;
   - modalité d'évaluation collective des formations ;
   - attestation de formation.
7. Recours à la sous-traitance :
   - modalités de recours à la sous-traitance, notamment la répartition des tâches de sûreté entre les différents intervenants ;
   - documents dont dispose chaque intervenant pour exécuter ses tâches.
8. Assurance qualité :
   - désignation d'une personne responsable en matière d'assurance qualité ;
   - dispositif de rapport et d'analyse relatif aux incidents d'exécution des mesures de sûreté ;
   - dispositif de vérification de conformité aux conditions techniques qui leur sont applicables des équipements, moyens et infrastructures mis en oeuvre ;
   - dispositif de contrôle et de suivi de l'activité des sous-traitants ;
   - élaboration d'un bilan annuel.
   Pour chaque point mentionné ci-dessus le rapport d'évaluation comporte un avis motivé lorsque :
   - le programme de sûreté n'est pas conforme à la réglementation ;
   - la mesure n'est pas adaptée à l'activité de l'établissement ou à la configuration des lieux ;
   - le programme de sûreté de l'établissement n'est pas mis en oeuvre.