Le Haut Conseil des finances publiques est assisté par un secrétariat permanent, qui contribue à la production des avis. Sous l'autorité du président du Haut Conseil, il organise les travaux et les auditions de l'administration, des organismes et personnalités extérieures. Il gère la communication du Haut Conseil des finances publiques sur son site internet et sur les réseaux sociaux.
Le secrétariat permanent effectue des travaux dont l'objet est d'éclairer les membres dans le cadre de leur mission. Ces travaux peuvent être rendus publics après accord du président du Haut Conseil des finances publiques. Ils n'engagent ni le Haut Conseil des finances publiques, ni les institutions auxquelles appartiennent ses membres. Ils n'engagent que leurs auteurs.