Les internes sont affiliés au régime général de la sécurité sociale.

En application de l'article 1er du décret du 23 décembre 1970 susvisé, ils bénéficient également du régime de retraite géré par l'institution de retraite complémentaire des agents non titulaires de l'Etat et des collectivités publiques. L'assiette des cotisations est fixée par arrêté des ministres chargés de l'intérieur, du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé.