Le conseil se réunit en séances ordinaires au moins trois fois par an, sur convocation de son président comportant l'ordre du jour de la séance. La convocation est adressée quinze jours au moins avant la date de sa réunion. En cas d'urgence, ce délai peut être réduit, mais ne peut être inférieur à quarante-huit heures.

Lors de la première réunion destinée à l'élection de son président, le conseil est convoqué et présidé par le doyen de ses membres parlementaires.

Le conseil délibère sur les affaires de sa compétence. Il ne peut valablement délibérer que si dix-neuf de ses membres en exercice sont présents. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est convoqué à nouveau dans un délai de dix jours et délibère alors à la majorité des membres présents.
En cas de partage des voix, le président dispose d'une voix prépondérante.
Chaque réunion fait l'objet d'un procès-verbal signé du président du conseil.
Le conseil établit son règlement intérieur.

Le conseil dispose de moyens de fonctionnement et d'un secrétariat. Les dépenses proposées par le président du conseil sont ordonnancées par le ministre chargé des transports.