En matière de transports publics routiers de personnes, le préfet de région est compétent dans les cas prévus par les articles R. 3113-2 et suivants du code des transports.

Il est également compétent pour délivrer les autorisations prévues par les règlements européens, les accords bilatéraux conclus entre la France et l'Union européenne et les Etats tiers à l'Union européenne, mentionnées à l'article R. 3111-62 du même code, lorsque ces autorisations sont relatives aux services limités à un département frontalier et à l'Etat limitrophe.