Le préfet, après avoir demandé l'avis de la commune de Séné, confie par voie de convention la gestion de la réserve naturelle à une collectivité locale, à un établissement public, à une fondation ou à une association régie par la loi 1901. Le gestionnaire est notamment chargé d'élaborer et de mettre en oeuvre un plan de gestion.

Il est créé un comité consultatif de la réserve présidé par le préfet ou son représentant.
La composition de ce comité est fixée par arrêté du préfet. Il comprend :
1. Des représentants de collectivités territoriales concernées, de propriétaires et d'usagers ;
2. Des représentants d'administrations et d'établissements publics concernés ;
3. Des personnalités scientifiques qualifiées et des représentants d'associations de protection de la nature.
Les membres du comité sont nommés pour une durée de trois ans. Leur mandat peut être renouvelé. Les membres du comité décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, cessent d'exercer les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés, doivent être remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui de leurs prédécesseurs.
Le comité consultatif se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président. Il peut déléguer l'examen d'une question particulière à une formation restreinte.

Le comité consultatif donne son avis sur le fonctionnement de la réserve, sur sa gestion et sur les conditions d'application des mesures prévues au présent décret.
Il se prononce sur le plan de gestion de la réserve.
Il peut proposer de faire réaliser des études scientifiques et recueillir tout avis en vue d'assurer la conservation, la protection ou l'amélioration du milieu naturel de la réserve.