L'institut est dirigé par un directeur assisté, pour la gestion de l'établissement, d'un sécrétaire général et administré par un conseil d'administration assisté d'un conseil scientifique.

Le directeur de l'Institut national de recherche pédagogique est nommé par décret pris sur proposition conjointe des ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche pour une période de trois ans parmi les personnalités compétentes dans les domaines de la formation et de la recherche. Son mandat est renouvelable.

Le conseil d'administration comprend trente-deux membres, soit :
1° Huit représentants de l'Etat :

• deux représentants du ministre chargé de l'éducation nationale ;
• un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
• un représentant du ministre chargé de la recherche ;
• un représentant du ministre chargé du budget ;
• un représentant du ministre chargé de la formation professionnelle ;
• un recteur d'académie, désigné par le ministre chargé de l'éducation nationale ;
• un directeur d'institut universitaire de formation des maîtres, désigné par le ministre chargé de l'éducation nationale ;

2° Deux membres de droit :

• le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ;
• le doyen de l'inspection générale de l'éducation nationale ;

3° Un membre du Conseil économique et social désigné par celui-ci ;
4° Deux représentants des parents d'élèves, désignés par les deux fédérations de parents d'élèves les plus représentatives ;
5° Un membre du Conseil national de la vie lycéenne, désigné par celui-ci ;
6° Six personnalités désignées d'un commun accord par les ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche en raison de leurs compétences dans les domaines de l'éducation, de la formation et de la recherche, dont deux exercent leurs fonctions dans un organisme étranger et dont un représente les mouvements pédagogiques et d'éducation populaire ;
7° Dix membres élus parmi les personnels affectés, mis à disposition ou détachés dans l'établissement :

• deux représentants des professeurs des universités et personnels assimilés au sens des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
• deux représentants des maîtres de conférences et personnels assimilés au sens des mêmes dispositions ;
• deux représentants des enseignants des premier et second degrés ;
• deux représentants des ingénieurs d'études et de recherche ;
• deux représentants des personnels administratifs, techniques, ouvriers et de service ;

8° Deux représentants des personnels associés à l'établissement, élus par leurs pairs.
Pour chacun des membres prévus au présent article, à l'exception de ceux qui sont mentionnés aux 2° et 6°, un suppléant est désigné, dans les mêmes conditions que le titulaire, afin de le remplacer en cas d'empêchement.

Le président du conseil d'administration est élu par le conseil au scrutin majoritaire uninominal à deux tours, parmi les personnalités nommées en raison de leurs compétences.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président ou à la demande du directeur ou à la demande conjointe des ministres qui assurent la tutelle de l'institut. En outre, il peut se réunir en séance extraordinaire, à l'initiative du président, du directeur ou à la demande de la moitié au moins de ses membres. L'ordre du jour, établi par le président en accord avec le directeur, est notifié aux membres du conseil au moins huit jours à l'avance.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres en exercice est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés, à l'exception des délibérations d'ordre budgétaire et du règlement intérieur qui sont adoptés à la majorité absolue des membres en exercice du conseil.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Un procès-verbal de chaque séance, signé par le président, est adressé dans les quinze jours aux ministres qui assurent la tutelle de l'institut.
Le directeur de l'institut, le secrétaire général, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le conseil d'administration peut inviter à assister aux séances avec voix consultative toute autre personne dont il juge la présence utile.

Le conseil scientifique comprend vingt-trois membres, soit :
1° Le président du conseil d'administration, président ;
2° Douze personnalités extérieures nommées par le ministre chargé de l'éducation nationale, dont une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur, une sur proposition du ministre chargé de la recherche et dix sur proposition du directeur de l'institut, dont quatre au moins exercent leurs fonctions dans des organismes étrangers ;
3° Dix représentants élus des personnels de l'institut, dont :

• deux représentants des professeurs des universités et personnels assimilés au sens des dispositions de l'article 6 du décret du 16 janvier 1992 susvisé ;
• deux représentants des maîtres de conférences et personnels assimilés au sens des mêmes dispositions ;
• deux représentants des enseignants des premier et second degrés ;
• deux représentants des ingénieurs d'études et de recherche ;
• deux représentants des personnels associés.

Le directeur de l'établissement assiste aux séances du conseil scientifique avec voix consultative. Le président du conseil scientifique peut inviter à assister aux séances toute personne dont l'audition lui paraît utile.

Pour l'élection des représentants des personnels au conseil d'administration et au conseil scientifique, sont électeurs et éligibles les personnels en fonction à l'institut ou assurant au moins le quart de leurs obligations de service pour le compte de l'institut.

Les membres du conseil d'administration et du conseil scientifique sont élus ou nommés pour une durée de quatre ans renouvelable, à l'exception des membres de droit du conseil d'administration.
Le mandat des membres des conseils cesse lorsque ces derniers perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus ou nommés.
En cas de vacance d'un siège, pour quelque cause que ce soit, les membres des conseils sont remplacés dans les mêmes conditions, pour la durée du mandat restant à courir si la vacance intervient six mois au moins avant le terme normal du mandat.

Les représentants des personnels sont élus au scrutin de liste à la représentation proportionnelle avec répartition des sièges restant à pourvoir au plus fort reste.