Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an, sur convocation de son président ou à la demande du directeur ou à la demande conjointe des ministres qui assurent la tutelle de l'institut. En outre, il peut se réunir en séance extraordinaire, à l'initiative du président, du directeur ou à la demande de la moitié au moins de ses membres. L'ordre du jour, établi par le président en accord avec le directeur, est notifié aux membres du conseil au moins huit jours à l'avance.
Le conseil ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres en exercice est présente ou représentée. Si le quorum n'est pas atteint à l'ouverture de la séance, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents ou représentés.
Les délibérations sont prises à la majorité des membres présents ou représentés, à l'exception des délibérations d'ordre budgétaire et du règlement intérieur qui sont adoptés à la majorité absolue des membres en exercice du conseil.
En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.
Un procès-verbal de chaque séance, signé par le président, est adressé dans les quinze jours aux ministres qui assurent la tutelle de l'institut.
Le directeur de l'institut, le secrétaire général, le membre du corps du contrôle général économique et financier et l'agent comptable assistent aux séances avec voix consultative.
Le conseil d'administration peut inviter à assister aux séances avec voix consultative toute autre personne dont il juge la présence utile.