Le Centre national de documentation pédagogique est administré par un conseil d'administration.
Le conseil arrête l'organisation des services de l'établissement sur proposition du directeur général, après avis du comité technique.
Toutefois, le centre de liaison de l'enseignement et des moyens d'information constitue une direction et le service du film de recherche scientifique un service, dont l'organisation et le fonctionnement obéissent à des dispositions spécifiques définies par décret.

Le conseil d'administration du Centre national de documentation pédagogique est présidé par un conseiller d'Etat ou un conseiller maître à la Cour des comptes, nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation. Il comprend en outre dix-sept membres :
1. Quatre représentants de l'Etat :
a) Un fonctionnaire désigné par le ministre chargé de l'éducation, président par intérim en cas d'empêchement temporaire du président ;
b) Un fonctionnaire désigné par le ministre chargé du budget ;
c) Un fonctionnaire désigné par le ministre chargé de l'agriculture ;
d) Le délégué à la formation professionnelle ou son représentant.
2. Trois représentants des collectivités territoriales :
a) Un représentant des communes, maire ou conseiller municipal désigné par l'Association des maires de France ;
b) Un représentant des départements, président de conseil général ou conseiller général, désigné d'un commun accord par les associations représentatives des présidents de conseils généraux ;
c) Un représentant des régions, président de conseil régional ou conseiller régional, désigné d'un commun accord par les associations représentatives des présidents de conseils régionaux.
3. Trois représentants du système éducatif :
a) Le doyen de l'inspection générale de l'éducation nationale ou son représentant ;
b) Un enseignant-chercheur, directeur d'institut universitaire de formation des maîtres, nommé par le ministre chargé de l'éducation ;
c) Un chef d'établissement désigné par le ministre chargé de l'éducation.
4. Quatre personnes compétentes désignées par le ministre chargé de l'éducation en considération des activités qu'elles exercent dans le domaine de l'édition, de la presse, de l'audiovisuel ou de la communication, dont deux enseignants relevant respectivement du premier et du second degré.
5. Trois représentants des personnels du Centre national et des centres régionaux de documentation pédagogique, désignés par le ministre chargé de l'éducation, sur proposition des organisations syndicales les plus représentatives, dans l'ensemble de ces établissements.

Le conseil est renouvelé tous les trois ans. Dans l'intervalle, et en cas de vacance pour quelque cause que ce soit, notamment pour perte de la qualité au titre de laquelle ils siègent, les administrateurs sont remplacés dans un délai de trois mois. Les nouveaux membres siègent au conseil d'administration jusqu'à la date à laquelle aurait cessé normalement le mandat de ceux qu'ils remplacent. Le mandat des administrateurs est renouvelable.

En cas d'empêchement, un administrateur peut donner procuration à un membre du conseil. Nul ne peut être porteur de plus de deux procurations. Le directeur général et l'agent comptable du centre national ainsi que le membre du corps du contrôle général économique et financier assistent aux réunions du conseil d'administration avec voix consultative. Le président peut inviter à assister à la séance toute personne dont l'audition lui paraît utile, à raison de l'ordre du jour.

Le président a voix prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil d'administration est convoqué par son président qui établit l'ordre du jour.
Il tient au moins deux séances par an. La convocation est de droit lorsqu'elle est demandée par la moitié au moins des membres du conseil.
Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié des membres en exercice sont présents ou représentés.
Lorsque le quorum n'est pas atteint, le président convoque à nouveau le conseil d'administration dans un délai de une à quatre semaines. Les délibérations sont alors prises à la majorité des administrateurs présents ou représentés.
Les délibérations du conseil d'administration sont transmises au ministre chargé de l'éducation.
Sous réserve des dispositions de l'article 9, les délibérations sont exécutoires dès leur approbation par le ministre chargé de l'éducation ou, à défaut d'approbation expresse, à l'expiration d'un délai d'un mois suivant leur envoi au ministre.
Lorsque la délibération est illégale ou qu'elle est de nature à compromettre l'équilibre financier de l'établissement, le ministre peut dans ce délai soit refuser de l'approuver, soit inviter le conseil à délibérer à nouveau.

Le directeur général du Centre national de documentation pédagogique est nommé par décret pour une période de trois ans, sur proposition du ministre chargé de l'éducation dans les conditions définies par le décret du 4 avril 1978 susvisé. Son mandat est renouvelable.
Le directeur général est chargé de préparer et d'exécuter les délibérations du conseil d'administration et d'assurer le fonctionnement des services. Il représente le centre national en justice et dans les actes de la vie civile. Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement.
Il est assisté d'un directeur général adjoint nommé selon les modalités fixées par le décret du 4 avril 1978 susvisé.