L'institution est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé des anciens combattants et victimes de guerre.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées dans les conditions prévues par le décret du 28 mai 1964 susvisé.

Les décisions modificatives du budget ne comportant ni variations du montant du budget ni virements de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres de personnel et les chapitres de matériel peuvent être prises par le directeur. Elles sont exécutoires après accord du contrôleur budgétaire. Elles sont portées à la connaissance du conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

L'Institution nationale des invalides est autorisée à transiger.

Les dépenses se rapportant aux soins dispensés aux pensionnaires au titre de l'article L. 115 du code des pensions militaires d'invalidité et des victimes de la guerre sont remboursées à l'Institution nationale des invalides au titre des soins médicaux gratuits.

Ce remboursement est effectué sous la forme d'un versement forfaitaire, dit forfait soins, dont le taux journalier est fixé par le conseil d'administration.