Les établissements et services autres que ceux mentionnés à l'article 4 doivent tenir une comptabilité dont la liste des comptes est établie par référence au plan comptable des établissements d'hospitalisation publics.
Les comptes non prévus au plan comptable hospitalier sont ouverts conformément au plan comptable général.
Toutefois des dérogations peuvent être apportées aux deux alinéas ci-dessus pour tenir compte des dispositions particulières du plan comptable des organismes de sécurité sociale, des collectivités territoriales ou des centres mentionnés par l'article D. 526 du code des pensions militaires d'invalidité et des victimes de guerre.

Il doit être tenu, pour chaque établissement ou du service faisant l'objet d'une dotation globale de financement ou d'un prix de journée, une comptabilité distincte de celle des autres établissements appartenant, le cas échéant, au même organisme.
Cette comptabilité comprend toutes les opérations liées à l'exécution des recettes et des dépenses de l'établissement ou du service .
La comptabilité spéciale à un établissement ou un service doit à toute demande pouvoir être mise à la disposition des agents vérificateurs ou de contrôle. Si les résultats de cette comptabilité sont rattachés à la comptabilité d'un établissement principal, ce rattachement s'opère par l'intermédiaire de comptes de liaison.
Lorsqu'un même organisme gère de manière centralisée plusieurs établissements dont la tarification est sous compétence de l'Etat, les comptes centralisés de ces établissements doivent pouvoir être mis à la disposition des agents vérificateurs ou de contrôle.

A la clôture de l'exercice, il est établi un compte administratif et un bilan propres à l'établissement ou au service qui sont transmis à l'autorité chargée de l'approbation du budget avant le 1er juillet de l'année qui suit cette clôture.
Ces documents sont présentés selon un cadre normalisé établi par arrêté des ministres chargés de l'action sociale, de la sécurité sociale et du budget.
Aucune décision de modification du budget soumise à approbation ne peut être prise avant cette transmission.