Les nominations aux emplois de directeur de centre régional sont prononcées par le ministre chargé des universités, sur une liste de deux noms présentée conjointement par le recteur de l'académie et le directeur du Centre national des oeuvres universitaires et scolaires. Elles sont prononcées pour une période de trois ans. Cette période peut être renouvelée par décision du ministre. Nul ne peut exercer plus de trois mandats consécutifs dans le même centre régional des oeuvres universitaires et scolaires.

Chaque directeur du centre régional est assisté d'un gestionnaire principal et de directeurs d'unité de gestion. Après avis du directeur du centre national et du directeur du centre régional, les gestionnaires principaux sont nommés par le ministre chargé des universités et les directeurs d'unité de gestion par le recteur.