Les recettes des centres d'éducation populaire et de sport comprennent le produit de leur activité, les subventions de l'Etat, des collectivités territoriales et de toute autre personne publique ou privée, les dons et legs et, de façon générales, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre de l'économie, des finances et du budget, du ministre de l'éducation nationale et du ministre chargé de la jeunesse et des sports, parmi les fonctionnaires de catégorie A appartenant à l'un des corps de l'administration scolaire et universitaire.

Il peut être institué des régies de recettes et des régies d'avances dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Sous réserve des dispositions qui précédent, le régime financier des centres d'éducation populaire et de sport est soumis aux dispositions de l'article 60 de la loi susvisée du 23 février 1963, des articles 14 à 23 du décret du 10 décembre 1953 et des articles 151 à 189 du décret susvisé du 29 décembre 1962.

Les établissements sont soumis au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.
Un arrêté conjoint du ministre de l'économie, des finances et du budget et du ministre chargé de la jeunesse et des sports fixe en tant que de besoin les modalités de ce contrôle.