Le directeur, choisi parmi les personnalités compétentes sur le plan scientifique, est nommé par décret sur proposition conjointe du ministre chargé des affaires sociales et du ministre chargé de la recherche. Ses fonctions, d'une durée de quatre ans, sont renouvelables une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article 9-1.

Il prépare les délibérations du conseil d'administration et assure leur exécution.

Il représente l'institut en justice et dans tous les actes de la vie civile.

Il a autorité sur l'ensemble des services de l'institut dont il fixe l'organisation et gère le personnel.

Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.

Il peut déléguer sa signature. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs délégués et à des agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité commune avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.

Il est assisté pour la gestion administrative et financière d'un secrétaire général qu'il nomme.

Il peut être assisté d'un ou de plusieurs directeurs délégués qu'il nomme.