Le directeur, choisi parmi les personnalités compétentes sur le plan scientifique, est nommé par décret sur proposition conjointe du ministre chargé des affaires sociales et du ministre chargé de la recherche. Ses fonctions, d'une durée de quatre ans, sont renouvelables une fois. Cette nomination intervient après un appel public à candidatures établi sous forme d'avis par le ministre chargé de la recherche, publié au Journal officiel, et l'examen de ces candidatures par une commission dont la composition et le fonctionnement sont fixés à l'article 9-1.

Il prépare les délibérations du conseil d'administration et assure leur exécution.

Il représente l'institut en justice et dans tous les actes de la vie civile.

Il a autorité sur l'ensemble des services de l'institut dont il fixe l'organisation et gère le personnel.

Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature.

Il peut déléguer sa signature. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs aux directeurs délégués et à des agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité commune avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.

Il est assisté pour la gestion administrative et financière d'un secrétaire général qu'il nomme.

Il peut être assisté d'un ou de plusieurs directeurs délégués qu'il nomme.

La commission d'examen des candidatures mentionnée à l'article 9 est composée de quatre ou six personnalités choisies en raison de leur compétence dans les domaines d'activités de l'établissement, parmi lesquelles un président, nommées par arrêté conjoint du ministre chargé des affaires sociales et du ministre chargé de la recherche. Elle comprend un nombre égal de femmes et d'hommes.
Après examen des dossiers de candidature transmis à chacun de ses membres par le ministre chargé des affaires sociales et le ministre chargé de la recherche, la commission sélectionne les candidats qu'elle auditionnera, dans la limite de six. En cas de partage égal des avis sur le choix de ces candidats, la voix du président de la commission est prépondérante. La commission transmet un rapport écrit motivant l'avis porté sur chacun des candidats auditionnés au ministre chargé des affaires sociales et au ministre chargé de la recherche, afin d'éclairer leur choix.
La liste des candidats, les dossiers de candidature et les débats de la commission sont confidentiels.
Le mandat des membres de la commission cesse de plein droit à compter de la date de nomination du directeur de l'institut dans les conditions prévues à l'article 9.
Les membres de la commission exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Les unités de recherche de l'établissement sont créées par décision du directeur, après avis du conseil scientifique. Elles reçoivent, sous forme de dotation globale, les crédits qui leur sont alloués au titre de leur fonctionnement, des missions, du petit et moyen équipement.
Des unités de recherche peuvent être associées à d'autres organismes ou établissements en vertu de conventions prévoyant notamment l'affectation de personnels et l'attribution de moyens.

Les directeurs des unités de recherche sont nommés pour cinq ans par décision du directeur après avis du conseil scientifique. Nul ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs en qualité de directeur d'une unité de recherche.

Le directeur de l'institut définit les attributions des directeurs d'unité de recherche dans le cadre de l'organisation générale de l'établissement.