Les dépenses de fonctionnement du service annexe d'hébergement sont entièrement supportées par les familles et par l'Etat.

L'Etat a en totalité la charge de la rémunération des personnels de direction, de gestion, d'éducation et de surveillance du service d'hébergement, sauf les charges résultant de l'emploi des maîtres d'internat au pair. La rémunération des personnels soignants, ouvriers et de service est partagée entre l'Etat et les familles. Le ministre de l'éducation nationale fixe chaque année, par arrêté, la participation que les familles apportent à ce titre pour chaque élève interne et demi-pensionnaire.