Le haut fonctionnaire de défense assiste le ministre pour l'exercice de ses responsabilités de défense : il exerce notamment les attributions prévues par le décret n° 80-243 du 3 avril 1980 relatif aux attributions des hauts fonctionnaires de défense et celles dévolues au commissariat général à la mobilisation industrielle par le décret n° 54-257 du 10 mars 1954 relatif à l'organisation de la nation pour le temps de guerre.
Il suit les actions du ministère et veille à leur cohérence avec les impératifs de défense, notamment en ce qui concerne la divulgation des connaissances, produits ou technologies sensibles.
Il est chargé, en outre, pour le compte du ministère, des problèmes de sécurité concernant la protection et le transport des matières nucléaires.