Chacune des écoles nationales de la marine marchande est placée sous l'autorité d'un directeur nommé par le ministre chargé de la marine marchande sur proposition de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.
L'autorité du directeur s'exerce sur l'ensemble des personnels de son établissement.

Le directeur est responsable de la discipline, de la sécurité et de l'ordre public dans l'ensemble de l'établissement.
Il contrôle les enseignements théoriques et pratiques donnés par l'école et oriente l'activité des professeurs conformément aux instructions ministérielles et aux directives de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.
Il fixe le règlement intérieur de l'école après avis de la commission paritaire enseignants élèves et du conseil d'administration.
Il nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination.
II note annuellement les professeurs et les membres des autres personnels de l'école.
Il prend ou propose les mesures disciplinaires que les circonstances peuvent imposer, tant à l'égard des élèves qu'à celui des membres des différents personnels de l'école, dans le cadre des règlements en vigueur.
Il accorde les congés et permissions aux personnels de l'école dans les conditions réglementaires.
Il représente l'école vis à vis des tiers, correspond avec les autorités extérieures et les particuliers, sans intervenir toutefois dans la correspondance que le secrétaire général agent comptable de l'école est amené à entretenir avec les créanciers et débiteurs de l'établissement pour le service de l'agence comptable.

Le directeur est assisté par un directeur des études choisi parmi les professeurs de l'enseignement maritime et nommé par le ministre chargé de la marine marchande.
Le directeur des études remplace le directeur, en cas d'absence ou d'empêchement de celui ci, sauf en sa qualité d'ordonnateur des dépenses.
Le directeur des études est chargé de l'organisation des programmes d'enseignement et des stages ainsi que de la documentation et des ressources pédagogiques. Il fixe l'emploi du temps des enseignants et des élèves. A ces titres, il soumet son rapport annuel d'activités au conseil d'administration.
Le cas échéant, le directeur et son directeur des études peuvent être assistés par un ou plusieurs sous directeurs.
Les sous directeurs sont nommés par le ministre chargé de la marine marchande sur proposition de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.

Il peut être créé dans les écoles des services à vocation nationale fournissant au profit du réseau des établissements scolaires maritimes des prestations pédagogiques, documentaires ou remplissant des fonctions d'expertise ou d'appui dans leurs domaines de compétence.

L'enseignement est organisé dans le cadre de départements d'enseignement.
Chaque département est dirigé par un chef de département nommé par le ministre chargé de la marine marchande sur proposition de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.
Le chef de département a pour mission d'encadrer les activités pédagogiques des disciplines concernées, de coordonner l'activité des enseignants et des personnes qualifiées qui concourent aux enseignements et de proposer toute amélioration dans son secteur d'activités. Il lui appartient d'adapter les moyens, d'en contrôler l'entretien, de les faire évoluer et d'améliorer leur qualité. Il assure la veille technologique et maintient les contacts avec les milieux professionnels et les autres structures de formation. En liaison avec le directeur des études, il programme la formation continue des formateurs.