L'enseignement est organisé dans le cadre de départements d'enseignement.

Chaque département est dirigé par un chef de département nommé par le ministre chargé de la marine marchande sur proposition de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.

Le chef de département a pour mission d'encadrer les activités pédagogiques des disciplines concernées, de coordonner l'activité des enseignants et des personnes qualifiées qui concourent aux enseignements et de proposer toute amélioration dans son secteur d'activités. Il lui appartient d'adapter les moyens, d'en contrôler l'entretien, de les faire évoluer et d'améliorer leur qualité. Il assure la veille technologique et maintient les contacts avec les milieux professionnels et les autres structures de formation. En liaison avec le directeur des études, il programme la formation continue des formateurs.