Le directeur est assisté par un directeur des études choisi parmi les professeurs de l'enseignement maritime et nommé par le ministre chargé de la marine marchande.

Le directeur des études remplace le directeur, en cas d'absence ou d'empêchement de celui ci, sauf en sa qualité d'ordonnateur des dépenses.

Le directeur des études est chargé de l'organisation des programmes d'enseignement et des stages ainsi que de la documentation et des ressources pédagogiques. Il fixe l'emploi du temps des enseignants et des élèves. A ces titres, il soumet son rapport annuel d'activités au conseil d'administration.

Le cas échéant, le directeur et son directeur des études peuvent être assistés par un ou plusieurs sous directeurs.

Les sous directeurs sont nommés par le ministre chargé de la marine marchande sur proposition de l'inspecteur général de l'enseignement maritime.