Le conseil scientifique est l'instance de réflexion et de proposition de l'institut en matière de politique scientifique. Il étudie la situation et les perspectives de développement dans le domaine de la recherche biomédicale et dans celui de la santé. Il contribue à l'élaboration de la politique scientifique, notamment en établissant un rapport périodique de conjoncture et de prospective.

Il coordonne l'activité des commissions scientifiques spécialisées et des intercommissions et peut être saisi par le directeur général de dossiers qui leur ont été soumis.

Il est consulté par le directeur général sur :

1° La création, la modification et la suppression des unités de recherche de l'institut, après avis des commissions scientifiques spécialisées ;

2° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin après avis des commissions scientifiques spécialisées ;

3° La politique de recrutement des personnels chercheurs ;

4° Les lignes directrices des actions de valorisation, d'information et de formation de l'Institut ;

5° La création de filiales et les prises de participation.

Il peut être consulté par le conseil d'administration ou le directeur général sur toute question relevant de la compétence de l'institut.

Il est informé de l'activité des services communs.

Le conseil scientifique est composé, pour moitié, de membres élus par les personnels propres de l'institut et par les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et, pour moitié, de membres nommés par les ministres de tutelle. Les modalités des élections, la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique sont fixées par un arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de l'éducation nationale.
Il se réunit au moins trois fois par an sur convocation du directeur général ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres.

Les commissions scientifiques spécialisées animent chacune un secteur de la recherche. Elles sont créées par arrêté des ministres de tutelle.
Elles évaluent périodiquement l'activité des unités de recherche qui relèvent de leur secteur et les moyens en personnel et en équipement qui leur sont nécessaires pour atteindre leurs objectifs scientifiques. Elles mènent ces évaluations conformément aux dispositions du 2° de l'article 11 du décret n° 2006-1334 du 3 novembre 2006 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Elles contribuent à l'élaboration du rapport de conjoncture et de prospective établi par le conseil scientifique.
Elles sont consultées par le directeur général, dans leur secteur de compétence, sur :
1° La création, la modification et la suppression des unités de recherche de l'institut ;
2° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin ;
3° La participation financière à apporter dans le cadre des programmes de l'institut aux projets scientifiques des formations ou des équipes n'appartenant pas à l'institut ;
4° Toute autre question qu'il leur soumet.

Les commissions scientifiques spécialisées sont composées pour moitié de membres élus par les personnels propres de l'institut et les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et pour moitié de membres nommés par les ministres de tutelle. Les modalités des élections, la composition et les règles de fonctionnement des commissions sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche, de la santé et de l'éducation.
Elles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du directeur général ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de leurs membres.

Il peut être créé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé, sur proposition du directeur général et après avis du conseil scientifique, des intercommissions ayant compétence dans un domaine de recherche dont le développement ne peut être assuré par les commissions scientifiques spécialisées.
Les intercommissions exercent les attributions de même nature que celles qui sont dévolues aux commissions scientifiques spécialisées en application de l'article 13 du présent décret.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche et du ministre chargé de la santé fixe la composition et les règles de fonctionnement des intercommissions.

Il peut être créé, dans les conditions fixées à l'article précédent, des commissions ad hoc ayant respectivement pour objet de la valorisation, l'information scientifique et technique et l'administration de la recherche.