Le conseil scientifique est composé, pour les trois cinquièmes, de membres élus par les personnels propres de l'institut et par les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et, pour les deux cinquièmes, de membres nommés par les ministres de tutelle. Les modalités des élections, la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique sont fixées par un arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de la santé et du ministre chargé de l'éducation nationale.

Il se réunit au moins trois fois par an sur convocation du directeur général ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres.