Les commissions scientifiques spécialisées animent chacune un secteur de la recherche. Elles sont créées par arrêté des ministres de tutelle.
Elles évaluent périodiquement l'activité des unités de recherche qui relèvent de leur secteur et les moyens en personnel et en équipement qui leur sont nécessaires pour atteindre leurs objectifs scientifiques. Elles mènent ces évaluations conformément aux dispositions du 2° de l'article 11 du décret n° 2006-1334 du 3 novembre 2006 relatif à l'organisation et au fonctionnement de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur.
Elles contribuent à l'élaboration du rapport de conjoncture et de prospective établi par le conseil scientifique.
Elles sont consultées par le directeur général, dans leur secteur de compétence, sur :
1° La création, la modification et la suppression des unités de recherche de l'institut ;
2° La nomination des directeurs des unités de recherche, le renouvellement de leurs fonctions ou la décision d'y mettre fin ;
3° La participation financière à apporter dans le cadre des programmes de l'institut aux projets scientifiques des formations ou des équipes n'appartenant pas à l'institut ;
4° Toute autre question qu'il leur soumet.