Les commissions scientifiques spécialisées sont composées pour les trois cinquièmes de membres élus par les personnels propres de l'institut et les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et pour les deux cinquièmes de membres nommés par les ministres de tutelle. Les modalités des élections, la composition et les règles de fonctionnement des commissions sont fixées par arrêté conjoint des ministres chargés de la recherche, de la santé et de l'éducation.

Elles se réunissent au moins deux fois par an sur convocation du directeur général ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de leurs membres.