La direction de chaque école nationale vétérinaire est confiée pour une période de cinq ans à un directeur nommé dans les conditions fixées par un décret pris dans les formes prévues par l'article 2, alinéa deux, de l'ordonnance n° 59-244 du 4 février 1959 relative au statut général des fonctionnaires.

Le ministre de l'agriculture désigne, sur proposition du directeur, un des professeurs de l'école comme assesseur du directeur. Ce professeur assiste le directeur dans l'exercice de ses fonctions, sous réserve des dispositions des articles 11 et 12 du décret n° 75-1068 du 7 novembre 1975 relatif au régime financier et, comptable des établissements publics nationaux d'enseignement et de formation professionnelle agricoles.

Le personnel et les élèves relèvent directement de l'autorité du directeur. Le directeur propose ou prend d'urgence, sous sa responsabilité, les mesures qu'il juge utiles pour assurer le fonctionnement, des divers services. Il peut notamment charger, à titre provisoire, les personnels techniques, administratifs et de service de fonctions différentes de leurs fonctions habituelles.