L'Institut et les académies disposent, chacun en ce qui les concerne, d'un budget principal et, le cas échéant, de budgets annexes. Ces budgets sont agrégés dans un document budgétaire unique.

La commission administrative centrale et les commissions administratives de chaque académie peuvent créer, chacune en ce qui la concerne, des budgets annexes en fonction de la nature et des enjeux financiers de certaines de leurs activités. Le nombre de budgets annexes est limité à cinq, d'une part, pour l'Institut et, d'autre part, pour chaque académie.

Un budget annexe au budget de l'Institut est créé pour le domaine de Chantilly doté d'un ordonnateur et d'un agent comptable secondaires.

Chaque année, lors des débats budgétaires, une information sur la situation financière de chaque fondation abritée est présentée aux organes délibérants, selon les modalités décidées par ces derniers. Elle fait apparaître les revenus de gestion des actifs afférents à la fondation et le montant des prélèvements de frais de gestion au titre de la contribution mentionnée à l'article 4.

Les crédits du budget principal et des budgets annexes sont évaluatifs.

Les crédits du budget principal et, le cas échéant, ceux des budgets annexes sont présentés sous la forme de trois ensembles :

- les charges de personnel, qui comprennent les rémunérations d'activité, les cotisations et contributions sociales et les prestations sociales et allocations diverses ;
- les charges de fonctionnement ;
- les investissements.

Le cas échéant, sur décision de la commission administrative compétente, les charges d'intervention peuvent faire l'objet d'un ensemble distinct.

Les recettes de l'Institut et des académies comprennent, chacun en ce qui le concerne :

- des subventions ;
- des produits d'emprunts ;
- des revenus des biens meubles et immeubles ainsi que le produit de leur aliénation ;
- des produits financiers ;
- des dons et legs dans les conditions fixées par l'article 38 de la loi n° 2006-450 modifiée du 18 avril 2006 de programme pour la recherche ;
- des rémunérations pour services rendus ;
- d'une manière générale, toute autre recette provenant de l'exercice de leurs activités et toute autre recette autorisée par les lois et règlements.

Lorsque le budget n'est pas exécutoire au 1er janvier de l'exercice, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées, jusqu'au 1er mars, sur la base de 80 % du budget de l'exercice précédent, déduction faite des crédits affectés à des dépenses non récurrentes. Après cette date, le budget est adopté, dans les meilleurs délais, par décision du bureau de la commission administrative centrale pour le budget de l'Institut et par le bureau de chacune des académies pour leur propre budget.