L'Institut et les académies suivent les règles de la comptabilité publique.
Le règlement de l'Autorité des normes comptables relatif aux comptes annuels des personnes morales de droit privé à but non lucratif s'applique aux fondations abritées par l'Institut et les académies. A défaut de dispositions spécifiques prévues par ledit règlement, le référentiel comptable résultant de l'application des articles 54, 201 et 202 du décret du 7 novembre 2012 précité s'applique.

Le compte financier de l'Institut et de chacune des académies est soumis, chacun en ce qui les concerne, par l'ordonnateur à l'organe délibérant dans un délai permettant la production desdits comptes, au plus tard six mois après la clôture de l'exercice comptable.