L'Institut et les académies disposent, chacun en ce qui les concerne, d'un budget principal et, le cas échéant, de budgets annexes. Ces budgets sont agrégés dans un document budgétaire unique.

La commission administrative centrale et les commissions administratives de chaque académie peuvent créer, chacune en ce qui la concerne, des budgets annexes en fonction de la nature et des enjeux financiers de certaines de leurs activités. Le nombre de budgets annexes est limité à cinq, d'une part, pour l'Institut et, d'autre part, pour chaque académie.

Un budget annexe au budget de l'Institut est créé pour le domaine de Chantilly.

Chaque année, lors des débats budgétaires, une information sur la situation financière de chaque fondation abritée est présentée aux organes délibérants, selon les modalités décidées par ces derniers. Elle fait apparaître les revenus de gestion des actifs afférents à la fondation et le montant des prélèvements de frais de gestion au titre de la contribution mentionnée à l'article 4.