Le représentant de l'Etat, administrateur supérieur des Terres australes et antarctiques françaises, ci-après dénommé « le représentant de l'Etat », est chargé de la gestion de la réserve naturelle. Le représentant de l'Etat associe à la gestion scientifique et de préservation de la biodiversité de la zone économique exclusive de l'archipel des Glorieuses les autorités des Etats dont les eaux sont adjacentes, tels Madagascar, conformément aux accords internationaux conclus par la France avec ces Etats.

I. - Le conseil consultatif des Terres australes et antarctiques françaises, institué par la loi n° 55-1052 du 6 août 1955 susvisée, tient lieu de comité consultatif de la réserve. Dans sa fonction de comité consultatif, il est élargi à six membres supplémentaires, nommés pour quatre ans par arrêté du ministre chargé des outre-mer :
1° Un représentant du préfet de La Réunion en tant que délégué du Gouvernement pour l'action de l'Etat en mer et autorité responsable de la police des pêches dans les eaux sous souveraineté ou juridiction française au large du territoire des Terres australes et antarctiques françaises, conformément à l'article R.* 958-10 du code rural et de la pêche maritime ;
2° Un représentant des forces armées dans la zone Sud de l'océan Indien (FAZSOI) ;
3° Un membre du Conseil de gestion du Parc naturel marin de Mayotte ;
4° Un représentant des armements de la pêche proposé par le ministre en charge des pêches maritimes ;
5° Un représentant des associations agréées ayant pour principal objet la protection des espaces naturels proposé par le ministre en charge de l'environnement ;
6° Un représentant de l'Office français de la biodiversité.
II. - Les règles de fonctionnement applicables au conseil consultatif des Terres australes et antarctiques françaises visées aux articles 22 à 27 du décret n° 2008-919 du 11 septembre 2008 modifié pris pour l'application du statut des Terres australes et antarctiques françaises, sont applicables au comité consultatif de la réserve.
III. - Le comité consultatif donne son avis sur le fonctionnement de la réserve, sur sa gestion et sur les conditions d'application des mesures prévues par la décision de classement. Il est consulté sur le projet de plan de gestion mentionné à l'article 6. Il peut demander au représentant de l'Etat la réalisation d'études scientifiques et recueillir tout avis en vue d'assurer la conservation, la protection et l'amélioration du milieu naturel de la réserve. Il peut déléguer l'examen d'une question particulière à une formation restreinte.

Il est créé un conseil scientifique de la réserve consulté sur le projet de plan de gestion mentionné à l'article 6 et qui peut être sollicité sur toute question à caractère scientifique touchant la réserve.
Le représentant de l'Etat fixe par arrêté la composition et le fonctionnement du conseil scientifique.

Dans les trois ans qui suivent sa désignation, le gestionnaire élabore un projet de plan de gestion de la réserve naturelle qui s'appuie sur une évaluation scientifique du patrimoine naturel de la réserve et de son évolution et décrit les objectifs que le gestionnaire s'assigne en vue de la protection des espaces naturels de la réserve. Il recueille l'avis du comité consultatif et du conseil scientifique de la réserve et joint ces avis au dossier transmis au représentant de l'Etat.
Le plan de gestion est arrêté pour une durée de cinq ans par le représentant de l'Etat, qui consulte les administrations civiles et militaires affectataires de terrains compris dans la réserve. Le premier plan de gestion d'une réserve naturelle nouvellement créée est, en outre, soumis pour avis au Conseil national de la protection de la nature et pour accord à l'autorité militaire territorialement compétente, lorsque la réserve comprend des terrains militaires. Il est transmis pour information au ministre chargé de la protection de la nature.
A l'issue de la première période de cinq ans, la mise en œuvre du plan fait l'objet d'une évaluation et le plan est renouvelé et, le cas échéant, modifié par décision du représentant de l'Etat, pour une période comprise entre cinq et dix ans. Le nouveau plan est transmis pour information au ministre chargé de la protection de la nature. Si des modifications d'objectifs le justifient, le représentant de l'Etat consulte le Conseil national de la protection de la nature et, le cas échéant, recueille l'accord de l'autorité militaire territorialement compétente.