Le directeur de l'opérateur des systèmes d'information interministériels classifiés a rang de directeur d'administration centrale.
Il est assisté d'un directeur adjoint qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement. Le directeur adjoint est nommé par arrêté du Premier ministre sur proposition du secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale.

Le directeur de l'opérateur des systèmes d'information interministériels classifiés a autorité sur l'ensemble des personnels affectés dans le service.
Il arrête l'organisation du service.
Le directeur peut, dans les domaines où il exerce des pouvoirs propres, déléguer sa signature à son adjoint.