L'Ecole nationale de l'aviation civile est administrée par un conseil d'administration assisté d'un conseil des études, d'un conseil de la recherche et d'un conseil de perfectionnement créé en application des dispositions du code du travail relatives à l'apprentissage. Elle est dirigée par un directeur général.

L'école peut, avec d'autres établissements publics d'enseignement supérieur ou de recherche, créer un ou plusieurs services communs. Les établissements intéressés règlent par convention l'organisation et les modalités de gestion de ce service. Cette convention mentionne les missions dévolues au service, l'établissement de rattachement au sein duquel le service établit son siège ainsi que les droits et obligations des établissements contractants. Elle précise en outre les conditions de nomination du directeur de ce service, la durée de son mandat ainsi que, le cas échéant, la composition, les attributions et les modalités de fonctionnement de l'instance consultative qui assiste le directeur.