Un commissaire du Gouvernement est nommé par le ministre chargé de l'outre-mer et le ministre chargé de l'urbanisme pour une durée de cinq ans renouvelable.

Le commissaire du Gouvernement veille à la compatibilité des orientations et des décisions adoptées par le conseil d'administration avec les intérêts dont l'Etat a la charge.

Le commissaire du Gouvernement est tenu régulièrement informé des activités de l'établissement et reçoit communication des documents nécessaires à cet effet.