L'établissement public est administré par un conseil d'administration.
Il est dirigé par un président, assisté par un bureau et un directeur général.
Le conseil d'administration et le président sont assistés par un conseil scientifique

Le conseil d'administration comprend, outre un représentant de chacun des ministres de tutelle de l'établissement :
1° Les chefs d'établissement ou d'organisme membre qui peuvent nommer un représentant permanent ;
2° Un représentant de la région Ile-de-France, un représentant de la métropole du Grand Paris, un représentant de la ville de Paris, un représentant de l'établissement public territorial Plaine Commune et un représentant de la ville d'Aubervilliers ;
3° Quatre représentants des enseignants-chercheurs et personnels assimilés au sens de l'article D. 719-4 du code de l'éducation, des enseignants et chercheurs exerçant leurs fonctions dans l'établissement public ou dans l'un des membres de l'établissement dont deux professeurs des universités ou assimilés et deux relevant des autres enseignants-chercheurs, enseignants et chercheurs ou assimilés ;
4° Deux représentants des autres personnels exerçant leurs fonctions dans l'établissement public et deux représentants des mêmes personnels exerçant leurs fonctions dans l'un des établissements membres ;
5° Quatre représentants des étudiants qui suivent une formation dans l'un des établissements membres ;
6° Huit personnalités qualifiées désignées de façon paritaire entre le nombre d'hommes et de femmes par arrêté conjoint des ministres de tutelle de l'établissement.
Le directeur général, l'agent comptable, le directeur du pôle documentaire et le président du conseil scientifique de l'établissement public assistent avec voix consultative au conseil.
Le recteur de l'académie de Paris,recteur de la région académique Ile-de-France, chancelier des universités, assiste également ou se fait représenter aux séances du conseil d'administration.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement public. Il délibère, outre sur les matières mentionnées aux articles 2, 3 et 4, notamment sur :
1° Les orientations générales de l'établissement public et la mise en œuvre de ses missions ;
2° Le projet d'établissement et le contrat pluriannuel conclu avec l'Etat mentionné à l'article L. 345-6 du code de la recherche ;
3° Les contributions des membres de l'établissement public sur proposition du bureau ;
4° Le budget initial, les budgets rectificatifs, le compte financier et l'affectation des résultats ;
5° Le règlement intérieur de l'établissement public ;
6° Les conditions générales d'emploi et de recrutement du personnel ;
7° Les actions en justice, les transactions et le recours à l'arbitrage ;
8° Les acquisitions, aliénations, échanges d'immeubles et les baux et locations ;
9° L'acceptation des dons et legs ;
10° Les contrats, conventions et marchés ;
11° Les modalités de tarification des prestations et services rendus par l'établissement ;
12° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale quelle que soit leur nature juridique ;
13° Les emprunts ;
14° Le rapport annuel d'activité de l'établissement public.
Il peut créer toute commission dont il définit les missions et désigne les membres.
Il peut déléguer au président, dans les limites qu'il fixe, les attributions mentionnées aux 7° à 12°. Le président rend compte des décisions prises dans le cadre des attributions ainsi déléguées au conseil d'administration dans les meilleurs délais.

Le président de l'établissement public est nommé par décret pris sur le rapport des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche parmi les membres du conseil d'administration sur proposition de celui-ci, pour un mandat de quatre ans. Il ne peut pas exercer plus de deux mandats consécutifs.
Le président convoque et préside le conseil d'administration et en fixe l'ordre du jour.
Dans le cadre des orientations définies par le conseil d'administration, le président exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il prépare et exécute les délibérations du conseil d'administration, notamment le budget ;
2° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
3° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses ;
4° Il a autorité hiérarchique sur le personnel de l'établissement public et autorité fonctionnelle sur les agents mis à disposition de l'établissement public par ses membres ;
5° Il procède aux nominations nécessaires au fonctionnement de l'établissement public pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu ce pouvoir ; à cet effet, il recrute, gère et affecte les personnels ;
6° Il conclut notamment les contrats, conventions et marchés, transactions et arbitrages et autorisations d'occupation temporaire du domaine public ;
7° Il est responsable du bon fonctionnement de l'établissement public, de l'organisation des opérations électorales, du maintien de l'ordre et de la sécurité au sein de l'établissement public et sur les sites du Campus Condorcet ;
8° Il exerce, au nom de l'établissement public, les compétences de gestion et d'administration qui ne sont pas attribuées à une autre autorité par la loi ou le règlement.
Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration.
Il peut déléguer sa compétence en matière de maintien de l'ordre et de la sécurité aux responsables des enceintes et locaux distincts ou non du siège de l'établissement public. L'arrêté de délégation désigne la personne qui exerce les pouvoirs du bénéficiaire de la délégation en cas d'absence ou d'empêchement de celui-ci.
Lorsque le règlement intérieur de l'établissement public n'organise pas la suppléance du président en matière de maintien de l'ordre et de la sécurité, le président prend, dès son entrée en fonctions, une décision déléguant sa compétence au cas où il serait absent ou empêché.
Le président peut déléguer sa signature au directeur général et aux agents de catégorie A placés sous son autorité en fonction dans l'établissement public.
En cas de vacance de la fonction ou d'empêchement du président, les fonctions d'ordonnateur sont exercées par le directeur général.

Le directeur général est nommé par le président de l'établissement public après avis du conseil d'administration. Il assure, sous l'autorité du président, la direction administrative, technique et financière de l'établissement public.
Le directeur du pôle documentaire est nommé par les ministres de tutelle de l'établissement public sur proposition du président de l'établissement public. Il dirige le pôle documentaire et les personnels qui y sont affectés. Il élabore le règlement intérieur du pôle documentaire qui est approuvé par le conseil d'administration de l'établissement public.

Le conseil scientifique comprend au maximum quarante membres :
1° Un ou plusieurs représentants de chacun des établissements ou organismes membres, qui ne peuvent être les chefs d'établissement ou d'organisme ou leur représentant au conseil d'administration ; ces représentants sont désignés librement par les établissements ou organismes membres ;
2° Des personnalités qualifiées n'appartenant pas à ces établissements, dont au moins la moitié d'enseignants ou de chercheurs exerçant dans un établissement ou organisme situé hors de France, désignées de façon paritaire entre le nombre d'hommes et de femmes par le conseil d'administration de l'établissement public, sur proposition du bureau.
Le président du Conseil scientifique est élu pour un mandat de quatre ans par le Conseil scientifique à la majorité absolue parmi les membres du Conseil scientifique mentionnés au 2°. Celui-ci ne peut pas exercer plus de deux mandats consécutifs.
Le directeur du pôle documentaire ainsi qu'un représentant élu des autres personnels exerçant leurs fonctions dans l'établissement public et un représentant élu des étudiants, mentionnés au 4° et au 5° de l'article 6, peuvent assister, sur leur demande, aux séances du conseil avec voix consultative.
Le président peut inviter aux séances, avec voix consultative, toute personne dont la présence est jugée utile sur un point précis de l'ordre du jour.

Le conseil scientifique éclaire par ses avis et ses orientations scientifiques le conseil d'administration et le président dans le cadre des missions confiées à l'établissement. Il assiste en particulier le président de l'établissement public en émettant son avis sur les projets que ce dernier lui soumet.

Le bureau est composé, outre du président de l'établissement public, des chefs d'établissement ou d'organisme membre ou leurs représentants siégeant au conseil d'administration. Le directeur général assiste à ses réunions.
Le bureau assiste le président dans la préparation et la mise en œuvre de la politique de l'établissement public, notamment sur les questions budgétaires et toutes celles ayant un impact financier important sur l'établissement public ou sur ses membres qui sont soumises à son approbation suivant des modalités définies dans le règlement intérieur. Les contributions des membres de l'établissement public sont validées à l'unanimité par le bureau avant leurs présentations au conseil d'administration.