Le Conseil national de la transaction et de la gestion immobilières est soumis au régime budgétaire, financier et comptable défini par les titres Ier et III du décret du 7 novembre 2012 susvisé.
L'agent comptable du Conseil national est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées auprès du Conseil national de la transaction et de la gestion immobilières par décision de son président sur avis conforme de l'agent comptable dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Le Conseil national de la transaction et de la gestion immobilières est soumis aux dispositions de l'ordonnance du 23 juillet 2015 susvisée.